Jesuitenherrschaft
Das zum Kloster gehörige Gebiet von der Lieser bis zur Turrach, war im 16. Jhdt. protestantisch geworden. Von Erzherzog Ferdinand II. wurde im Jahre 1598 das Kloster mit allen Besitzungen dem Jesuitenorden übergeben mit dem Auftrag, aus den Einkünften die Universität Graz zu erhalten.
Die Jesuiten entfalteten in Millstatt, das sie zu einer „Residenz“ erklärten, eine rege Tätigkeit. Insbesondere leisteten sie bei der einsetzenden Gegenreformation wesentliche Hilfe.
Ihnen ist die barocke Ausschmückung der Kirche zu verdanken.
Die meisten Altäre, die Kanzel und das Gestühl, wurden in ihrer Zeit neu geschaffen, ebenso der Kalvarienberg mit den Kreuzwegstationen und das „Hohe Kreuz“ im Osten von Millstatt.
Um ihrem Auftrag nachzukommen, mussten von den Jesuiten jedoch auch Zehent und Robot von den Bürgern und Bauern mit aller Strenge eingehoben werden. Dies führte zum Bauernaufstand im Jahr 1737, zu dem Paul Zopf, ein Winkelschreiber aus Wien, aufstachelte. Er wurde niedergeschlagen, Paul Zopf und einige Rädelsführer geköpft und zahlreiche Aufständische mit Landesverweis und Gefängnis bestraft.
Am 21. Juli 1773 wurde von Papst Klemens XIV. der Jesuitenorden aufgehoben, und die 700jährige Geschichte des Klosters Millstatt nahm ein jähes Ende.
Damit wurde aber auch die große Bibliothek des Klosters nach Klagenfurt, als Grundstock der Studienbibliothek und der größere Teil des Archivs nach Graz geschafft.
Die Herrschaft Millstatt wurde zu einer staatlichen Studienfondsherrschaft umgewandelt.